Milyondan daha yaşlı mikrobiyal DNA, mamut kalıntılarında korunmuş durumda ve kalıcı konak–mikrop ilişkilerini açığa çıkarıyor.
Centre for Palaeogenetics liderliğindeki uluslararası bir ekip, bir milyondan daha eski yünlü ve bozkır mamutlarına ait kalıntılardan mikrobiyal DNA elde etti. Bu çalışma, şimdiye kadar bulunan en eski mikrobiyal DNA örneklerinden bazılarını ortaya koyuyor ve mamutlarda hastalığa katkıda bulunmuş olabilecek bakterilere işaret ediyor. Bulgular Cell dergisinde yayımlandı.
Stockholm Üniversitesi ile İsveç Doğa Tarihi Müzesi’nin ortak girişimi olan Centre for Palaeogenetics’te görev yapan ekip, 440’ı daha önce hiç dizilenmemiş 483 mamut örneğinden mikrobiyal DNA analiz etti.
Öne çıkan örneklerden biri, yaklaşık 1,1 milyon yıl önce yaşamış bir bozkır mamu tandı. Ekip, gelişmiş genomik ve biyoinformatik yöntemler kullanarak mamutların yaşarken mikrobiyomlarının parçası olan mikroplarla ölüm sonrası kalıntıları kolonize edenleri birbirinden ayırdı. Çalışmanın başyazarı ve Centre for Palaeogenetics’te doktora sonrası araştırmacı olan Benjamin Guinet, “Elinizde milyon yıllık bir mamut dişi tuttuğunuzu hayal edin. Size, bu dişin hâlâ o mamutla birlikte yaşamış antik mikropların izlerini taşıdığını söylesem? Sonuçlarımız, mikrobiyal DNA araştırmalarını bir milyon yılın ötesine taşıyarak, konakla ilişkili mikropların ev sahipleriyle nasıl birlikte evrimleştiğini keşfetmek için yeni olanaklar açıyor,” diyor.
Araştırmacılar, mamut kalıntılarıyla tutarlı biçimde ilişkili görünen altı mikrobiyal soy hattı saptadı; bunlar arasında Actinobacillus, Pasteurella, Streptococcus ve Erysipelothrix akrabaları yer alıyor. Bazıları zararlı olabilir. Örneğin, çalışmada ortaya çıkarılan Pasteurella benzeri bir bakteri, Afrika fillerinde ölümcül salgınlara neden olan bir patojene yakından akraba. Afrika ve Asya fillerinin mamutların en yakın yaşayan akrabaları olduğu göz önüne alındığında, bu bulgu mamutların da benzer enfeksiyonlara duyarlı olabileceğini düşündürüyor.
Dikkat çekici bir şekilde, ekip yaklaşık 1,1 milyon yıl önce yaşamış bir bozkır mamu tundan Erysipelothrix genomunun bazı bölümlerini yeniden inşa etti. Bu, şimdiye kadar elde edilmiş en eski konakla ilişkili mikrobiyal DNA’yı temsil ediyor ve soyu tükenmiş hayvanlarla mikrobiyal toplulukları arasındaki ilişkilere dair öğrenebileceklerimizin sınırlarını genişletiyor. Centre for Palaeogenetics’ten araştırmacı ve kıdemli yazar Tom van der Valk, “Mikroplar hızlı evrimleştiği için, bir milyondan fazla yıl geriye uzanan güvenilir DNA verisi elde etmek, kendini durmadan yeniden yazan bir izi takip etmek gibiydi. Bulgularımız, antik kalıntıların konak genomunun ötesinde biyolojik içgörüleri koruyabildiğini ve mikropların Pleistosen ekosistemlerinde uyum, hastalık ve yok oluşu nasıl etkilediğine ışık tuttuğunu gösteriyor,” diyor.
DNA’nın bozulması ve karşılaştırmalı verilerin sınırlı oluşu nedeniyle tespit edilen mikropların mamut sağlığı üzerindeki kesin etkisini belirlemek güç olsa da, çalışma soyu tükenmiş büyük memelilerin mikrobiyomlarına eşi benzeri görülmemiş bir bakış sunuyor. Sonuçlar, bazı mikrobiyal soyların bir milyondan fazla yıl öncesinden yaklaşık 4.000 yıl önce Wrangel Adası’ndaki son yünlü mamutlara kadar, geniş coğrafi alanlara ve uzun evrimsel zaman dilimlerine yayılarak mamutlarla birlikte var olduğunu düşündürüyor.
Centre for Palaeogenetics’te Evrimsel Genomik Profesörü olan Love Dalén’e göre, bu çalışma nesli tükenmiş türlerin biyolojisini anlamada yeni bir sayfa açıyor: Araştırmacılar artık yalnızca mamutların genomlarını incelemekle kalmayıp onlarla birlikte yaşamış mikrobiyal toplulukları da keşfetmeye başlayabilir.
Kaynaklar: “Ancient host-associated microbes obtained from mammoth remains” DOI: 10.1016/j.cell.2025.08.003 – 2 September 2025, Cell.
